- ศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์
- ศูนย์กิจการนานาชาติ
- ศูนย์นวัตกรรมการเรียนและการสอน
- ศูนย์บรรณสารและสื่อการศึกษา
- ศูนย์บริการการศึกษา
- ศูนย์บริการวิชาการ
- ศูนย์บริหารทรัพย์สิน
- ศูนย์สมาร์ทฟาร์ม
- ศูนย์สหกิจศึกษาและพัฒนาอาชีพ
- ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- ศูนย์เทคโนโลยีดิจิทัล
- สถาบันส่งเสริมการวิจัยและนวัตกรรมสู่ความเป็นเลิศ
- สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
- ส่วนการเงินและบัญชี
- ส่วนส่งเสริมและพัฒนานักศึกษา
- ส่วนทรัพยากรมนุษย์และองค์กร
- ส่วนนิติการ
- ส่วนบริการกลาง
- ส่วนพัสดุ
- ส่วนภูมิสถาปัตยกรรมและสิ่งแวดล้อม
- ส่วนสื่อสารองค์กร
- ส่วนอาคารสถานที่
- ส่วนอำนวยการและสารบรรณ
- ส่วนแผนงานและยุทธศาสตร์
- หน่วยตรวจสอบภายใน
- อุทยานพฤกษศาสตร์
- อุทยานวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- โครงการบริหารจัดการของเสียมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์
- โครงการมหาวิทยาลัยสีเขียว
- บัณฑิตวิทยาลัย
- วิทยาลัยทันตแพทยศาสตร์นานาชาติ
- วิทยาลัยนานาชาติ
- วิทยาลัยสัตวแพทยศาสตร์อัครราชกุมารี
- สำนักวิชาการจัดการ
- สำนักวิชาพยาบาลศาสตร์
- สำนักวิชาพหุภาษาและการศึกษาทั่วไป
- สำนักวิชารัฐศาสตร์และนิติศาสตร์
- สำนักวิชาวิทยาศาสตร์
- สำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยี
- สำนักวิชาศิลปศาสตร์
- สำนักวิชาสถาปัตยกรรมศาสตร์และการออกแบบ
- สำนักวิชาสหเวชศาสตร์
- สำนักวิชาสาธารณสุขศาสตร์
- สำนักวิชาสารสนเทศศาสตร์
- สำนักวิชาเทคโนโลยีการเกษตรและอุตสาหกรรมอาหาร
- สำนักวิชาเภสัชศาสตร์
- สำนักวิชาแพทยศาสตร์
- ศูนย์ส่งเสริมวัฒนธรรมและการกีฬา
